1. 雄性激素缺乏
雄性激素缺乏導致陰莖短小，是一種先天性因素。男性胎兒在母體子宮發育時，受到某些不良刺激，影響雄性激素生成，導致胎兒缺乏雄性激素，進而使胎兒出現先天性雄性激素分泌不足，在發育時期陰莖會因為缺乏雄性激素而出現生長緩慢或停止生長，造成陰莖短小。
2. 微量元素缺乏
男性在青少年時期，身體性器官開始發育成熟，許多微量元素如鋅元素、雄性激素、維生素E以及相關蛋白等對于性器官發育影響很大，如果這些微量元素攝入量不足，會導致性器官發育不良，身體不能提供性器官發育所需要的能量物質，起不到壯大性器官的作用，會造成陰莖短小。
3. 發育期不良生活習慣
男性在性器官發育時期如果沒有注意保暖，造成長期體寒，體內陽氣不足，會使陰莖不能完全凸出，有一節陰莖會卷縮在腹內，造成假性陰莖短小現象。此外，過早開始性生活，或在身體虛弱和發育期過度手淫，都會給腎臟器官造成影響，導致腎臟器官功能失調，影響陰莖發育，形成陰莖短小。
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